Novodobá historie Městských lesů začíná rokem 2001 vydáním restitučních zákonů 172/1991 a 229/1991, dle kterých se navrací lesy původním vlastníkům
Po vzniku organizačních předpokladů pro obhospodařování lesů jsou tyto fyzicky předány k 1.1. 1992 Městu Prachatice, které tyto spravuje prostřednictvím příspěvkové organizace Městské lesy Prachatice začleněné pod Technické služby Prachatice
Jako náhradu za ušlý zisk od doby práva na lesní majetek (od nabytí účinnosti zákona 172/1991) do doby fyzického převzetí 1.1.2002 dostává Město Prachatice od povinné osoby (státních lesů) přibližovací traktor LKT 81
Sídlo Městských lesů Prachatice zůstává v Dlouhé ulici – bývalé polesí Jč státních lesů . K řízení organizace Městských je vybrán stávají vedoucí polesí Prachatice Dalibor Rund
V roce 1995 rozhodlo zastupitelstvo Města Prachatice o zřízení samostatné společnosti Městské lesy Prachatice s.r.o., s vkladem 100 000 Kč Město Prachatice a 20000 Kč jednatel společnosti
V roce 2000 opravují Městské lesy Prachatice budovu v Kasárenské ulici čp. 11 (bývalé cihelny). Vzniká nové zázemí pro firmu : v přízemí kanceláře, garáže, skladové prostory, sociální zařízení a v 1. patře 2 byty pro personál (3+1. 1+1)
V roce 2001 s odchodem jednatele do starobního důchodu ukončen podíl jednatele společnosti MLP. Od. 1.1. 2001 je 100% vlastníkem společnosti Město Prachatice. N základě výběrového řízení nastupuje do funkce jednatele ing. František Štěrba
Výměra navrácená ke dni zákona o obcích č. 172/1991 činila 1400 ha. Po dohledání a navrácení dalších, původně sporných přídělů (až do roku 2010) v k.ú. Libínské Sedlo, Volovice, Perlovice, Zábrdí, Kahov, Oseky ..) bylo předáno dalších 150 ha lesa
Původní personální obsazení 1 vedoucí, 1 ekonom a 3 lesníci. V roce 2007 jsou v rámci úspor redukovány 3 lesnické úseky (Černá hora, Libín, Kobylí hora) o necelé výměře 500 ha na lesníka na 2 lesnické úseky s výměrou 800 ha na lesnický úsek (Černá hora, Libín)
Mimo základní lesnické obhospodařování k lesnickému úseku Černá hora přináleží spravování Lesní školky Fefrovské rybníčky o výměře 1 ha s produkcí 40-70 tisíc sazenic ročně. K lesnickému úseku Libín náleží plantáž vánočních stromků (1,6 ha) a 3 Fefrovké rybníčky
V roce 2006 – úprava svažitého terénu v lesní školce na pracovní pole mechanizovaně obhospodařovatelné a zřízení samospádové závlahy z vybudovaného jezírka nad Tankovkou
V roce 2008 ukončení prodeje slabých surových kmenů a zřízen manipulační sklad Zdenice s roční kapacitou 3000 m3
Pěstební činnost je zajišťována z 80 % režijními zaměstnanci, těžební činnost z 50 % rovněž vlastními zaměstnanci (traktor JD)
Průměrná roční těžba činní 8000 m3, 40 ha probírek, 20 ha prořezávek a 5 ha zalesnění
(podrobněji v dalších kapitolách)
Městské lesy Prachatice jsou členem SVOL (sdružení vlastníků obecních a soukromých lesů). Prostřednictvím tohoto sdružení zobchodovávají cca 1/3 vyprodukovaných sortimentů
Zástupci společnosti jsou členy České lesnické společnosti Boubín (viz samostatná kapitola)
Mimo ekonomické zájmy (zajištění nájemného) je snahou lesního personálu co nejlépe zajišťovat i ostatní mimoprodukční funkce lesa, o kterých je zmíněno v dalších kapitolách
MLP jsou držitelem licence k výkonu funkce odborného lesního hospodáře – jednatel spol.
Licence pro nakládání se semenem a sazenicemi lesních dřevin – jednatel společnosti
Certifikace lesů PEFC – trvale udržitelného obhospodařování lesů